La piedra filosofal es con toda seguridad uno de los pilares de la alquimia y ha sido denominada con cientos de nombres distintos debido a sus propiedades casi ilimitadas como pueden ser “Magnus opus” (Gran Obra), “Vitriolo” o el “Elixir de la Vida” entre otros. Según las leyendas y los relatos de magos y alquimistas, la piedra filosofal sería una piedra hecha de una sustancia especial capaz de convertir cualquier metal en oro, de curar cualquier enfermedad, de prolongar la vida mucho más allá de la vejez e, incluso, permitir alcanzar la inmortalidad. Debido a estas capacidades, muchos alquimistas consagraron su vida a encontrarla.
Según se afirmaba, existían dos variedades: una roja que convertiría todos los metales impuros en oro y una blanca que haría lo mismo pero convirtiéndolos en plata. Otras obras afirmaban que no sólo transformaría los metales en oro sino cualquier sustancia, aunque poco a poco llegaría a convertirse a sí misma también en oro (de un modo similar a la bendición o maldición del rey Midas). Hay incluso quien afirma que la piedra filosofal no existe como tal sino que es una metáfora de cómo un ser humano, a través del estudio y el conocimiento, llega a pasar de ser impuro a alcanzar la perfección, convirtiéndose en sentido figurado en oro.
Su búsqueda se ha centrado en todo tipo de objetos cotidianos como metales, vegetales, minerales o rocas o en productos animales como el pelo, la orina, los huevos o los distintos humores. Debido a la dificultad para obtenerla directamente de los objetos —no hay constancia de que nadie lo consiguiera—, muchos maestros alquimistas buscaron por todos los medios conseguir replicarla en sus laboratorios y escribieron acerca de las tres etapas del Magisterio, que llevarían muchos años hasta conseguir transmutar el metal impuro en oro. Durante estas tres largas etapas la piedra sería de color negro durante la etapa de putrefacción, blanca durante la etapa de destilación y, finalmente, roja durante la etapa final en la que ya podía ser utilizada. La piedra filosofal, mucho más pesada que el oro, sería incombustible pero se podría disolver en cualquier líquido.
Los ingredientes para replicar una piedra filosofal en laboratorio son muy confusos y no hay acuerdo sobre ellos. Una versión muy extendida es la que utiliza mineral de hierro (pirita), ácido tartárico (obtenido de las encinas) y rocío obtenido en determinadas épocas del año. La mezcla de estos ingredientes permitiría obtener “mercurio de los filósofos” y “azufre filosofal”. Otros autores afirman que, a fin de evitar a quien quisiera aprovecharse de los trabajos de otro alquimista, se utilizaban nombres falsos para los ingredientes.
Una vez conseguida la piedra filosofal habría que seguir el siguiente proceso para transmutar el metal en oro: Se funde el metal impuro. Se envuelve un pedazo minúsculo de piedra filosofal en una bolita de papel o cera y se coloca en el centro del metal a transmutar. Se espera un tiempo prudencial para que tenga lugar la transmutación y, tras enfriarse, el metal inicial se habría convertido en oro.